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科学研究

王耘 研究员 博士生导师

  王耘北京理工大学应用化学博士、北京大学生物学博士后,北京中医药大学中药学研究员、博士生导师,迈阿密大学访问学者,北京中医药大学学术委员会委员,中药学院学术委员会委员,中药信息学系主任,国家中医药管理局中药信息工程重点研究室学术带头人。兼任健康医疗大数据学会副会长,中药系统科学与工程专业委员会副会长兼秘书长,北京应用统计学会副会长,中关村高新技术产业专家,中国战略研究会药食同源领域专家。《基础医学理论研究》、《中医药研究前沿》期刊主编,《中华中医药杂志》等期刊编委。曾被授予北京市“青年榜样”称号,入选教育部“新世纪优秀人才”。主持国家自然科学基金项目6项,承担“973”项目研究任务4项,参与国家攻关项目、国家重点研发计划、北京市科委重点项目等30余项,发表论文200余篇,出版《中药信息学》、《调控流图建模原理与应用》著作两部,担任《中医药信息学》丛书编委。

       主要学术贡献包括:(1)建立实体语法系统理论体系,发现复杂系统涌现性形成的基本定理和纠缠的耦合系统机制,并将其应用于中药药性理论研究、中药作用机理解析、中药有效成分群发现、中药设计、中药智能制造理论、医药大数据研究,总结形成中药复杂系统研究的SIMPP方法论;(2)提出“药性组合三联密码子”与“中药学中心法则”概念,系统开展药性组合与中药功效、药理作用、证候要素、治则治法、配伍理论的关系研究,创立基于药性组合模式的中药设计方法及其智能化系统;(3)提出“中药质量树”概念,建立基于中药质量树的全程质量控制方法与“服务前台-产品中台-质量后台”架构的中药AIOT系统。

研究方向:
1. 中药信息融合与应用;
2. 药性组合模式与中药设计;
3. 中药系统科学与工程。


主持的主要项目:
(1)国家自然科学基金项目:基于吸引子的中药有效成分群辨识与作用机理解析方法研究(81973495)
(2)国家自然科学基金项目:朝向中药作用机理解析的细胞耦合地图及其应用(81673697)
(3)国家自然科学基金项目:药性组合三联密码子的作用规律及其应用研究(81373985)
(4)国家自然科学基金项目:基于三阴三阳的经方药对语法系统及其作用机制研究(81173568)
(5)国家自然科学基金项目:基于三阴三阳系统的药性组合模式及其作用机理研究(30973946)
(6)国家自然科学基金项目:三阴三阳系统的抽象数学模型及其在癫痫预测中的应用(30500643)

 

著作:
(1)王耘,乔延江.中药信息学[M].科学出版社,2018
(2)郑娆,王耘.调控流图建模原理与应用[M].化学工业出版社,2014


代表性论文:
(1) Yun Wang,Entity grammar systems: a grammatical tool for studying the hierarchal structures of biological systems[J], Bulletin of Mathematical Biology.2004:66(3):447-471(实体语法系统)
(2) Zheng, R., Wang, K., & Wang, Y. Emergence in entity grammar systems[J]. Kybernetes, 2009,38(10):1856-1861.(涌现性)
(3) Yun Wang,Rao Zheng, Yan-Jiang Qiao, Modeling, Learning and Simulating Biological Cells with Entity Grammar[J]. Computational Science-ICCS 2007:138-141(智能系统与系统智能)
(4) Jing Yan, Yun Wang, Si-jun Luo, Yan-jiang Qiao,TCM grammar systems: An approach to aid the interpretation of the molecular interactions in Chinese herbal medicine,Journal of Ethnopharmacology[J],2011,137(1):77-84 (中药语法系统与中药作用机理解析)
(5) Ji Luo,Yinglong Ren,Hao Gu,Yi Wu,Yun Wang,dTGS: Method for Effective Components Identification from Traditional Chinese Medicine Formula and Mechanism Analysis[J].2013:1-9 (有向中药语法系统与有效成分群辨识)
(6) Baixia, Zhang, Yanwen, Li, Yanling,Zhang Zhiyong Li, Tian,Bi,Yusu,He,Kuokui,Song,Yun,Wang. (2016). ITPI: initial transcription process-based identification method of bioactive components in traditional chinese medicine formula[J]. Evidence-based complementary and alternative medicine : eCAM,2016, 8250323.(基于转录起始因子的有效成分辨识)
(7) Baixia Zhang, Shuaibing He, Chenyang Lv, Yanling Zhang, Yun Wang. GEPSI: A Gene Expression Profile Similarity-Based Identification Method of Bioactive Components in Traditional Chinese Medicine Formula[J]. Evidence-Based Complementary and Alternative Medicine, 2018:6969350.(基于基因表达谱相似性的中药有效成分辨识)
(8) S He,M Li,X Ye,H Wang,W Yu,W He,Y Wang,Y Qiao. Site of metabolism prediction for oxidation reactions mediated by oxidoreductases based on chemical bond[J]. Bioinformatics, 2016(3):btw617.(基于化学健的代谢产物预测)
(9) Zheng R , Wang Y . Entity Grammar Systems and Knowledge Engineering in the Background of Big Data[C]// 2018 5th International Conference on Systems and Informatics (ICSAI). 2018.(实体语法系统与大数据、知识工程)
(10) Xucan Hou, Meng Li, Congmin Jia, Xianbao Zhang, Yun Wang. Attractor – a new turning point in drug discovery[J]. Drug Design, Development and Therapy, 2019, 13:2957—2968(吸引子与药物发现)
(11) 王耘, 乔延江. 实体语法系统与中医药理论现代化[J]. 世界科学技术:中医药现代化, 2004(05):6-10.
(12)王耘, 张燕玲, 郭亦然,等. 涌现性原理与方剂配伍规律研究[C]// 第三届国际传统医药大会文集. 2004.
(13) 王耘, 史新元, 乔延江. 中药复杂性研究的内容与方法[J]. 中国天然药物, 2005, 3(5):262-265.
(14)王耘, 史新元, 张燕玲,刘颖,乔延江. 系统生物学意义下的中药研发与药性理论[J]. 世界科学技术:中医药现代化, 2006, 8(1). 王耘, 史新元, 乔延江. 中药复杂性研究的内容与方法[J]. 中国天然药物, 2005, 3(5):262-265.
(15)王耘, 张燕玲, 郭亦然, 刘颖, 乔延江,王永炎. 三阴三阳系统与药性理论[J]. 北京中医药大学学报, 2006, 29(002):77-82.
(16)王耘, 张燕玲, 史新元,乔延江.中药功效网络的构建及应用[J]. 世界科学技术-中医药现代化, 2008, 10(005):105-108.
(17)肖斌,王耘,郭维嘉,李萌,尤章林,周英新,乔延江.中药药性组合及其与功效的关系研究[J].世界科学技术(中医药现代化),2010,12(06):902-908.
(18)王耘,张燕玲,史新元,乔延江.基于药性组合的中药性效规律研究框架[J].世界科学技术(中医药现代化),2012,14(04):1798-1802.
(19)李晓鹤,王耘,乔延江.基于药性组合的“反药”同方应用特征研究[J].世界科学技术-中医药现代化,2013,15(03):613-616.
(20)孙婧,张百霞,颜素容,张燕玲,王耘,乔延江.中药药性组合模式自相似关系研究[J].中国中药杂志,2014,39(13):2378-2381.
(21)孙婧,张燕玲,顾浩,王耘.中药药性组合的配伍理论模型初探[J].中国中药杂志,2015,40(16):3327-3330.
(22) 张百霞, 骆四君, 颜静, 等. 中药作用机理辅助解析系统的构建[J]. 中国中药杂志, 2015, 40(19):2-9.
(23) 曹婷婷, 王耘. 中药智能制造理论模型的构建[J]. 中国中药杂志, 2019(14).
(24) 王耘.新时代基础医学理论的发展路径[J].基础医学理论研究,2019,1(1):1-2.
(25) 李梦,侯旭粲,张丽丽,孙艺,孙志蓉,王耘.中草药种植品质知识图谱的构建[J].世界中医药,2020,15(18):2675-2678.
(26)曹婷婷, 王耘.中药智能产业的ABCD与区块链的关键作用[J].中医药研究前沿,2020,2(1):20-24.


承担课程:
1. 本科生:生物信息学、医药大数据引论、生物统计学、中药信息学、数据科学
2. 研究生:生物信息学、计算药物分析、中药信息学、科研思路与方法



通讯地址:北京市房山区良乡大学城北京中医药大学良乡校区中药学院C座4层
E-mail: wangyun@bucm.edu.cn